تأسست كلية الهندسة عام 2006 بموجب الامر الوزاري المرقم ت م 3/2350. وقد تضمنت في بداية تأسيسها قسمين علميين هما قسم الهندسة المدنية والميكانيكية. ثم أستحدث قسم الهندسة الكهربائية والالكترونية في عام 2008.

وشهد عام 2014 استحداث ثلاثة اقسام علمية وهي قسم هندسة النفط والبتروكيمياويات، الهندسة الطبية، وهندسة الاطراف والمساند الصناعية. وكان آخر استحداث لقسم هندسة العمارة عام 2015.

تم تغير تسمية الهندسة الطبية الى هندسة الطب الحياتي كما تم تغيير تسمية  هندسة النفط  و البتروكيمياويات  الى هندسة النفط في عام 2017.