تضم كلية الهندسة في جامعة كربلاء مجموعة من الأقسام العلمية المتخصصة التي تواكب التطورات الهندسية وتلبي متطلبات سوق العمل وتشمل هذه الأقسام :

قسم الهندسة المدنية
قسم الهندسة الكهربائية والإلكترونية
قسم هندسة الطب الحياتي
قسم هندسة الأطراف والمساند
قسم هندسة العمارة
قسم هندسة النفط
قسم الهندسة الميكانيكية

تسهم هذه الأقسام في إعداد مهندسين مؤهلين علميًا وعمليًا قادرين على الإسهام في مشاريع التنمية والتطوير داخل العراق وخارجه